سریال پایتخت ۶ تاکنون از شبکه آی فیلم پخش نشده و دلیل آن، ممیزی داستان و سکانس های خاص سریال بوده است. این فصل در بهمن ۱۴۰۴ نیز از جدول پخش آی فیلم حذف شد و مستقیما از پایتخت ۵ به پایتخت ۷ رفت.
دلیل توقیف سریال
به نظر میرسد بخشی از مشکل مربوط به نقش نقی معمولی به عنوان مامور امنیتی و تقلید سکانس پایانی از یک فیلم آمریکایی باشد. پس از پخش این فصل، مدیران صدا و سیما به دلیل انتقادات رسانه های محافظه کار با محسن تنابنده و سیروس مقدم مخالفت کردند.در آن زمان، مرتضی میرباقری، معاون مدیر سازمان صداوسیما، «ستون پنجم فرهنگی» را به خاطر مسائل محتوایی سریال سرزنش کرد.
سکانس پایانی و اعتراض ها
سیروس مقدم در پایتخت ۶ از موتورسیکلت، قایق سواری و موسیقی متن دراماتیک در لحظات پایانی استفاده کرد که موجب انتقاد شدید مسئولان شد.
این سکانسها یادآور فیلم های قبل از انقلاب هستند: کسانی که با سینمای دهه ۵۰ و بازیگران شناخته شده آن دوران آشنا هستند، صحنه های رحمت و عاطفه روی موتورسیکلت و قایق را به یاد فیلمهای مسافر با بهروز وثوقی و مامان آمریکایی با گوگوش میاندازد، که موسیقی پس زمینه مشابه سریال دارد.